Cách sắp xếp theo thứ tự niên đại từ Thiên hoàng Tenji (bài số 1), thiên hoàng Jitô (bài số 2) trở đi, rồi đến các bầy tôi thân cận như Kakinomoto no Hitomaro (bài số 3), Yamabe no Akahito (bài số 4)... Như thế, Hyakunin Isshu đã có thể trình bày phong cách làm thơ của mọi thời theo tuần tự của trên dưới 600 năm lịch sử qua quan hệ giữa các nhà thơ với nhau vậy.

Nội dung của các bài thơ được tuyển tuân theo tiêu chuẩn lý luận về waka của Teika nghĩa là "lời lẽ thì theo xưa nhưng tâm tình phải mới mẽ, dáng dấp cao sang như thơ từ đời Kanpyō (Khoan Bình, 889-898) về sau" tức là thời điểm mà tập Kokin-shuu được cho ra mắt và có cái phong cách mới yosei yōen (余情妖艶 (dư tình yêu diễm), yosei yōen?) là lộng lẫy, man mác. Vì thế, thơ tình nhiều nhất vì nó chiếm gần phân nửa (43 bài). Tuy có một số bài gọi là dai shirazu (題知らず (không nhan đề), dai shirazu?) nhưng phần còn lại không thiếu gì những bài thơ vịnh những mối tình gặp phải cảnh ngộ khó khăn như "tình âm thầm", "tình trước vầng trăng", "tình gặp gỡ giữa đường", "tình cầu khẩn mà không được", "tình ngăn cách", "tình nuối tiếc trước giờ chết"...

Ngoài ra, còn có 32 bài vịnh cảnh bốn mùa (6 bài vịnh mùa xuân, 4 bài về hạ, 16 bài về thu và 6 bài dành cho mùa đông) , vịnh cảnh biệt ly (1 bài), lữ hành (4) và tạp thi (20 bài với chủ đề đa dạng như thương xót, oán hận, thất ý, khánh hạ hay cảm hoài). Do đó, nhìn chung thì 100 bài nói trên nói về đề tài phong phú và cô đọng vậy nên Hyakunin Isshu được xem là một tuyển tập tiêu biểu của thơ Waka mọi thời.[6]

1. Thiên hoàng Tenji (天智天皇)
2. Thiên hoàng Jitō (持統天皇)
3. Kakinomoto no Hitomaro (柿本人麻呂)
4. Yamabe no Akahito (山部赤人)
5. Sarumaru no Taifu (猿丸大夫)
6. Ōtomo no Yakamochi (中納言家持)
7. Abe no Nakamaro (阿倍仲麻呂)
8. Kisen Hōshi (喜撰法師)
9. Ono no Komachi (小野小町)
10. Semimaru (蝉丸)
11. Ono no Takamura (参議篁)
12. Henjō (僧正遍昭)
13. Thiên hoàng Yōzei (陽成院)
14. Minamoto no Tōru (河原左大臣)
15. Thiên hoàng Kōkō (光孝天皇)
16. Ariwara no Yukihira (中納言行平)
17. Ariwara no Narihira (在原業平朝臣)
18. Fujiwara no Toshiyuki (藤原敏行朝臣)
19. Ise (伊勢)
20. Hoàng thân Motoyoshi (元良親王)
21. Sosei (素性法師)
22. Fun'ya no Yasuhide (文屋康秀)
23. Ōe no Chisato (大江千里)
24. Sugawara no Michizane (菅家)
25. Fujiwara no Sadakata (三条右大臣)
26. Fujiwara no Tadahira (貞信公)
27. Fujiwara no Kanesuke (中納言兼輔)
28. Minamoto no Muneyuki (源宗于朝臣)
29. Ōshikōchi no Mitsune (凡河内躬恒)
30. Mibu no Tadamine (壬生忠岑)
31. Sakanoue no Korenori (坂上是則)
32. Harumichi no Tsuraki (春道列樹)
33. Ki no Tomonori (紀友則)
34. Fujiwara no Okikaze (藤原興風)
35. Ki no Tsurayuki (紀貫之)
36. Kiyohara no Fukayabu (清原深養父)
37. Fun'ya no Asayasu (文屋朝康)
38. Ukon (右近)
39. Minamoto no Hitoshi (参議等)
40. Taira no Kanemori (平兼盛)
41. Mibu no Tadami (壬生忠見)
42. Kiyohara no Motosuke (清原元輔)
43. Fujiwara no Atsutada (権中納言敦忠)
44. Fujiwara no Asatada (中納言朝忠)
45. Fujiwara no Koretada (謙徳公)
46. Sone no Yoshitada (曽禰好忠)
47. Egyō (恵慶法師)
48. Minamoto no Shigeyuki (源重之)
49. Ōnakatomi no Yoshinobu (大中臣能宣朝臣)
50. Fujiwara no Yoshitaka (藤原義孝)
51. Fujiwara no Sanekata (藤原実方朝臣)
52. Fujiwara no Michinobu (藤原道信朝臣)
53. Michitsuna no Haha (右大将道綱母)
54. Takashina no Takako (儀同三司母)
55. Fujiwara no Kintō (大納言公任)
56. Izumi Shikibu (和泉式部)
57. Murasaki Shikibu (紫式部)
58. Daini no Sanmi (大弐三位)
59. Akazome Emon (赤染衛門)
60. Koshikibu no Naishi (小式部内侍)
61. Ise no Taifu (伊勢大輔)
62. Sei Shōnagon (清少納言)
63. Fujiwara no Michimasa (左京大夫道雅)
64. Fujiwara no Sadayori (権中納言定頼)
65. Sagami (相模)
66. Gyōson (大僧正行尊)
67. Suō no Naishi (周防内侍)
68. Thiên hoàng Sanjō (三条院)
69. Nōin Hōshi (能因法師)
70. Ryōzen (良暹法師)
71. Minamoto no Tsunenobu (大納言経信)
72. Yūshi Naishinnō-ke no Kii (祐子内親王家紀伊)
73. Ōe no Masafusa (権中納言匡房)
74. Minamoto no Toshiyori (源俊頼朝臣)
75. Fujiwara no Mototoshi (藤原基俊)
76. Fujiwara no Tadamichi (法性寺入道前関白太政大臣)
77. Thiên hoàng Sutoku (崇徳院)
78. Minamoto no Kanemasa (源兼昌)
79. Fujiwara no Akisuke (左京大夫顕輔)
80. Taiken Mon In no Horikawa (待賢門院堀河)
81. Tokudaiji Sanesada (後徳大寺左大臣)
82. Dōin (道因法師)
83. Fujiwara no Shunzei (皇太后宮大夫俊成)
84. Fujiwara no Kiyosuke (藤原清輔朝臣)
85. Shun'e (俊恵法師)
86. Saigyō (西行法師)
87. Jakuren (寂蓮法師)
88. Kōkamonin no Bettō (皇嘉門院別当)
89. Princess Shikishi (式子内親王)
90. Inpumon'in no Tayū (殷富門院大輔)
91. Kujō Yoshitsune (後京極摂政前太政大臣)
92. Nijōin no Sanuki (二条院讃岐)
93. Minamoto no Sanetomo (鎌倉右大臣)
94. Asukai no Masatsune (参議雅経)
95. Jien (前大僧正慈円)
96. Saionji Kintsune (入道前太政大臣)
97. Fujiwara no Teika (権中納言定家)
98. Fujiwara no Ietaka (従二位家隆)
99. Thiên hoàng Go-Toba (後鳥羽院)
100. Thiên hoàng Juntoku (順徳院)